Исследователи обнаружили новый вирус Шамонда у молочного скота во Франции
Сообщения начали поступать в июне от стад крупного рогатого скота в департаментах Дубс и Эн, а в июле подобные эпизоды произошли в Савойе и Верхней Савойе. Клинические признаки включали кратковременную лихорадку, диарею, депрессию или анорексию, а также значительное, но обратимое снижение производства молока. Позже подобные эпизоды были подтверждены в Германии, Швейцарии и Нидерландах.
Исследование девяти первоначально поражённых стад показало, что объем производства молока снизился от 15% до 75%. Доля коров с диареей варьировалась от 8% до 100% по стадам, которые включали от 25 до 275 животных. Отдельные эпизоды диареи обычно длились от одного до шести дней. Тесты на вирус Шмалленберга, который рассматривался в начале исследования, были отрицательными.
Исследователи собрали плазму и фекальные материалы от 14 симптоматических коров на трёх фермах в Верхней Савойе. Животные развили лихорадку или депрессию за последние 48 часов и продолжали показывать признаки болезни в момент отбора проб. Материал был сгруппирован в три плазменных и три фекальных пула для анализа.
Используя амплификацию, не зависящую от последовательности, и секвенирование Oxford Nanopore, команда обнаружила ортобунявирус в каждом плазменном пуле в количестве примерно 4,700, 43,500 и 7,500 соответственно. Менее 1,000 чтений было найдено в каждом фекальном пуле. Анализ дал полные кодирующие последовательности сегментов L и M генома вируса и частичный 775-нуклеотидный сегмент S. Дополнительные тесты пяти стад в трёх других регионах Франции дали два дополнительных полных генома.
Вирус был впоследствии иском в образцах 33 поражённых стад, собранных между 28 июля и 11 августа, а также в образцах абортированных плодов из 18 дополнительных стад, собранных между 27 июля и 11 августа. Как широкий тест на группу Симбу, так и тест, разработанный специально для Европейского вируса Шамонда, обнаружили вирусную РНК во всех изученных образцах. В 18 стадах, исследованных на аборты, фермеры сообщали о лихорадке и депрессии у коров за две-четыре недели до абортов. Вирусная РНК последовательно обнаруживалась в плацентах или органах плодов, включая селезёнку и мозг; мозговая ткань была положительной у шести плодов.
Генетический анализ поместил французские и немецкие вирусы в отдельную линию Шамонда. Их сегменты L и M были наиболее близки к нигерийскому штамму, изолированному от крупного рогатого скота в 1965 году, с долей идентичности по нуклеотидам 93.02% и 92.63% соответственно. Французские и немецкие вирусы имели 99.93% идентичности в обоих сегментах. Их сегменты S были идентичны друг другу, но не группировались напрямую с нигерийскими S-последовательностями. Авторы заявили, что этот образец может отражать высокий уровень мутаций или реассортацию, хотя имеющиеся данные не позволяют установить, когда, где или в какой линии могло произойти такое событие.
Исследователи классифицировали вирус как Orthobunyavirus schmallenbergense на основе аминокислотного сходства, описывая его как новую линию Шамонда из-за его уникальной генетической позиции. Они заявили, что обнаружения во Франции и Германии стали первыми зарегистрированными молекулярными идентификациями ортобунявируса Шамонда в Европе. В настоящее время нет доказательств того, что вирус заражает людей. Исследование призывает к дальнейшему ветеринарному и лабораторному наблюдению, включая исследования мошек рода Culicoides, репродуктивных исходов и архивных образцов.
