Докторант из Университета Небраски-Линкольна изучает влияние генетики на микробиом КРС
Лакамп, родом из Нью-Берлина, штат Иллинойс, изучает разведение животных и генетику. Он с детства интересовался генетикой, занимаясь выставочным скотом. Поняв, что дешевле покупать сперму и яйца, чем живое животное, Лакамп решил посвятить свою карьеру изучению разведения животных и получил образование в UNL, где, по его мнению, одна из лучших программ по исследованию говядины. Его научным руководителем является профессор зоотехники Мэтт Спэнглер.
Микробиом — это совокупность микроорганизмов, живущих внутри или на поверхности животных. Многие из этих микробов находятся в мутуалистических отношениях со своими хозяевами, помогая им переваривать пищу и стимулируя иммунную систему. Одной из целей исследования Лакампа является изучение микробиома в глазах крупного рогатого скота, чтобы выяснить, влияет ли генетика теленка на пропорции различных бактерий, живущих в его глазах. Если это так, Лакамп полагает, что конъюнктивит можно будет уменьшить с помощью генетического отбора.
Другим направлением его исследований является изучение микробиома кишечника крупного рогатого скота. Лакамп стремится установить связь между микробиомом и генетикой животных и использовать эту информацию для прогнозирования их будущей производительности. Существуют данные, показывающие прямую связь между составом микробиома и производительностью, а также данные, демонстрирующие связь между генетикой и производительностью. Лакамп исследует, можно ли использовать данные о микробиоме или генетике для прогнозирования производительности животных.
«Из мазка из полости рта можно получить информацию о генетике теленка и о том, какие бактерии, археи, грибки и другие микроорганизмы живут в его рубце», — пояснил Лакамп. «В будущем можно будет предсказывать производительность животных на основе данных о геноме, микробиоме и производительности их родственников. Это позволит с определенной точностью предсказывать средний суточный привес теленка, который еще не попал на стадию откорма».
Если исследования Лакампа подтвердят, что микробиом животного зависит от его генетики, то животных можно будет селективно разводить для ограничения количества болезнетворных микроорганизмов в их организмах.
Лакамп видит большие данные как вызов и возможность. «Когда микробиолог передает мне информацию, у меня есть 43 миллиона точек данных для каждого животного», — говорит он. «Это очень много данных, и это не считая геномных данных. Как же с этим справиться?»
Работа с таким объемом данных сложна, но как только будет разработана система для их обработки, ученые смогут оптимизировать использование этой информации и преобразовать её в полезные данные для производителей.
