Detectan un nuevo virus Shamonda en el ganado lechero francés
Los informes comenzaron en junio de los rebaños de ganado en los departamentos franceses de Doubs y Ain, seguidos en julio por episodios similares en Saboya y Alta Saboya. Los signos clínicos incluyeron fiebre de corta duración, diarrea, depresión o anorexia, y caídas sustanciales pero reversibles en la producción de leche. Episodios comparables se confirmaron más tarde en Alemania, Suiza y los Países Bajos.
Una investigación de nueve rebaños inicialmente afectados encontró que la producción de leche a granel había disminuido entre un 15% y un 75%. La proporción de vacas con diarrea varió del 8% al 100% en los rebaños, que contenían entre 25 y 275 animales. Los episodios individuales de diarrea generalmente duraron de uno a seis días. Las pruebas dirigidas al virus Schmallenberg, que se consideró durante la investigación inicial, fueron negativas.
Los investigadores recolectaron plasma y material fecal de 14 vacas sintomáticas en tres granjas en Alta Saboya. Los animales habían desarrollado fiebre o depresión en las últimas 48 horas y aún mostraban signos al momento del muestreo. El material se agrupó en tres grupos de plasma y tres grupos fecales antes del análisis.
Utilizando amplificación independiente de la secuencia y secuenciación de Oxford Nanopore, el equipo encontró lecturas de ortobunyavirus en cada grupo de plasma, con aproximadamente 4,700, 43,500 y 7,500 respectivamente. Se encontraron menos de 1,000 lecturas en cada grupo fecal. El análisis produjo secuencias de codificación completas para los segmentos del genoma L y M del virus y un segmento S parcial de 775 nucleótidos. Pruebas adicionales en cinco rebaños en otras tres regiones francesas produjeron dos genomas completos adicionales.
Posteriormente, se buscó el virus en muestras de 33 rebaños afectados recolectadas entre el 28 de julio y el 11 de agosto, así como en muestras de fetos abortados de 18 rebaños adicionales recolectadas entre el 27 de julio y el 11 de agosto. Tanto una prueba amplia del grupo Simbu como una prueba desarrollada específicamente para el Virus Shamonda Europeo detectaron ARN viral en cada muestra examinada. En los 18 rebaños investigados por abortos, los agricultores habían informado fiebre y depresión en las vacas de dos a cuatro semanas antes de los abortos. Se encontró consistentemente ARN viral en placentas u órganos fetales, incluidos el bazo y el cerebro; el tejido cerebral fue positivo en seis fetos.
El análisis genético situó los virus franceses y alemanes en una línea separada de Shamonda. Sus segmentos L y M fueron más cercanos a una cepa nigeriana aislada de ganado en 1965, compartiendo una identidad de nucleótidos del 93.02% y 92.63% con ella. Los virus franceses y alemanes compartieron una identidad del 99.93% en ambos segmentos. Sus segmentos S fueron idénticos entre sí, pero no se agruparon directamente con las secuencias S nigerianas. Los autores dijeron que este patrón podría reflejar una alta tasa de mutación o reasignación, aunque los datos disponibles no establecieron cuándo, dónde o en qué línea podría haber ocurrido tal evento.
Los investigadores clasificaron el virus dentro de la especie Orthobunyavirus schmallenbergense sobre la base de la similitud de aminoácidos, mientras lo describían como una nueva línea de Shamonda debido a su posición genética distinta. Dijeron que las detecciones en Francia y Alemania fueron las primeras identificaciones moleculares reportadas de un ortobunyavirus Shamonda en Europa. Actualmente no hay evidencia que muestre que el virus infecte a humanos. El estudio pidió una mayor vigilancia veterinaria y de laboratorio, incluida la investigación de los jejenes del género Culicoides, los resultados reproductivos y las muestras archivadas.
