Fransa'da Süt Sığırlarında Yeni Bir Shamonda Virüsü Tespit Edildi
Haziran ayında, Fransa'nın Doubs ve Ain departmanlarındaki sığır sürülerinden raporlar gelmeye başladı, ardından Temmuz ayında Savoie ve Haute-Savoie'de benzer olaylar yaşandı. Klinik belirtiler arasında kısa süreli ateş, ishal, depresyon veya iştahsızlık ve önemli ancak geri dönüşümlü süt üretiminde düşüşler yer aldı. Benzer olaylar daha sonra Almanya, İsviçre ve Hollanda'da da doğrulandı.
Başlangıçta etkilenen dokuz sürünün araştırılması, toplu süt üretiminin %15 ile %75 arasında düştüğünü ortaya koydu. İshal görülen ineklerin oranı, 25 ile 275 hayvan içeren sürüler arasında %8 ile %100 arasında değişiklik gösterdi. Bireysel ishal olayları genellikle bir ila altı gün sürdü. Erken araştırma sırasında dikkate alınan Schmallenberg virüsüne yönelik testler negatif çıktı.
Araştırmacılar, Haute-Savoie'deki üç çiftlikteki 14 semptomatik inekten plazma ve dışkı örnekleri topladı. Hayvanlar, önceki 48 saat içinde ateş veya depresyon geliştirmişti ve örnek alındığında hala belirtiler gösteriyordu. Malzeme analizden önce üç plazma havuzu ve üç dışkı havuzunda gruplandırıldı.
Sıra bağımsız amplifikasyon ve Oxford Nanopore dizilemesi kullanarak, ekip her plazma havuzunda sırasıyla yaklaşık 4.700, 43.500 ve 7.500 orthobunyavirus okuması buldu. Her dışkı havuzunda 1.000'den az okuma bulundu. Analiz, virüsün L ve M genom segmentlerinin tam kodlama dizilerini ve kısmi 775-nükleotid S segmentini üretti. Fransa'nın diğer üç bölgesindeki beş sürünün daha fazla test edilmesi, iki ek tam genom üretti.
Virüs, 28 Temmuz ile 11 Ağustos arasında toplanan 33 etkilenen sürüden ve 27 Temmuz ile 11 Ağustos arasında toplanan 18 ek sürüden alınan düşük-fetus örneklerinde arandı. Hem geniş bir Simbu-grup testi hem de özellikle Avrupa Shamonda Virüsü için geliştirilen bir test, incelenen her örnekte viral RNA tespit etti. Düşük araştırılan 18 sürüde, çiftçiler düşüklerden iki ila dört hafta önce ineklerde ateş ve depresyon bildirdi. Viral RNA, tutarlı bir şekilde plasentalarda veya dalak ve beyin dahil olmak üzere fetal organlarda bulundu; beyin dokusu altı fetusta pozitifti.
Genetik analiz, Fransız ve Alman virüslerini ayrı bir Shamonda soyu olarak sınıflandırdı. L ve M segmentleri, 1965'te sığırlardan izole edilen bir Nijerya suşuna en yakın olanıydı ve sırasıyla %93,02 ve %92,63 nükleotid kimliği paylaştı. Fransız ve Alman virüsleri her iki segmentte de %99,93 kimlik paylaştı. S segmentleri birbirine özdeşti ancak doğrudan Nijerya S dizileri ile gruplanmadı. Yazarlar, bu modelin yüksek mutasyon oranını veya yeniden düzenlemeyi yansıtıyor olabileceğini, ancak mevcut verilerin böyle bir olayın ne zaman, nerede veya hangi soyda meydana gelmiş olabileceğini belirlemediğini söyledi.
Araştırmacılar, virüsü amino asit benzerliğine dayanarak Orthobunyavirus schmallenbergense türü içinde sınıflandırırken, onu genetik olarak farklı konumu nedeniyle yeni bir Shamonda soyu olarak tanımladılar. Fransa ve Almanya'daki tespitlerin Avrupa'da bir Shamonda orthobunyavirusünün ilk bildirilen moleküler tanımları olduğunu söylediler. Şu anda virüsün insanları enfekte ettiğine dair bir kanıt yoktur. Çalışma, Culicoides midges, üreme sonuçları ve arşivlenmiş örneklerin araştırılması dahil olmak üzere daha fazla veteriner ve laboratuvar gözetimi çağrısında bulundu.
